Asociacijos veiklos uždaviniai:

- Vykdyti šalies žemės ūkio vystymo strateginius tikslus atitinkančią kooperacijos plėtrą;
- Atstovauti kooperatyvams santykiuose su valstybės institucijomis, vidaus ir užsienio rinkų partneriais, gauti kvotas savo šakos produkcijai parduoti minimaliomis ribinėmis kainomis ir organizuoti jų vykdymą;
- Ieškoti rinkose kredito išteklių, diegti pažangias gamybos technologijas bei mokslo rekomendacijas, kurios gerokai padidintų darbo našumą, pagerintų produkcijos kokybę bei sumažintų savikainą iki dydžio, leidžiančio konkuruoti pasaulinėje rinkoje;
- Inicijuoti naujų kooperatyvų steigimą, koordinuoti jų veiklą, rengti dalyvavimo rinkose strategiją;
- Rengti seminarus, konferencijas, muges, parodas, ruošti metodines rekomendacijas, informacinius biuletenius Asociacijos ir jos narių veiklos klausimais;
- Organizuoti Asociacijos narių kvalifikacijos kėlimą, mokymą, konsultavimą, stažuotes šalyje ir užsienyje;
- Bendradarbiauti su Lietuvos Respublikos, tarptautinėmis ir kitų šalių analogiškomis organizacijomis, būti jų nare;
- Tarpininkauti užmezgant ryšius su kitais žemės ūkio srityje dirbančiais subjektais, bendradarbiauti su Lietuvos Respublikos žemės ūkio rūmais, Lietuvos žemės ūkio konsultavimo tarnyba ir kitomis konsultacinėmis tarnybomis;
- Dalyvauti rengiant ir svarstant naujus Lietuvos Respublikos įstatymų ir kitų teisės norminių aktų projektus, reglamentuojančius Asociacijos ir jos narių veiklą;
- Kurti duomenų bazes apie žemės ūkio kooperaciją, teikti šiuos duomenis Asociacijos nariams ir institucijoms.

Siekiant atstovauti narių interesams tarptautiniu lygmeniu, nuo 2004 m. Asociacija yra pilnateisė COPA-COGECA narė.